Ubatuba foi fundada em 28 de Outubro de 1638 , por Provisão do Governador Geral de Salvador Correia de Sá e Benevides, Criou-se a Vila de Ubatuba, sob o preconicio da exaltação a Santa Cruz. Em 1728, foi a Vila Canonicamente erigida em freguesias e, no século XIX, no dia 13 de março de 1855, eli provincial a elevava a categoria de Cidade.
Os índios Tupinambás eram os habitantes originais desta região. Costumavam construir suas tabas em pontos altos, nas margens de rios, para sua proteção. Alegres, amantes da música, da dança e dos instrumentos musicais, como flautas e tambores, utilizavam o cauim, uma bebida alcoólica à base de mandioca fermentada, para alegrar suas festas. Excelentes canoeiros, construíram suas embarcações de cedro, guapuruvus e imbiricus para o transporte de até 30 pessoas.
Viviam em paz com seus vizinhos de São Vicente, os Tupiniquins, até a chegada dos exploradores portugueses e franceses, que lutavam para conseguir trabalho escravo entre os indígenas. Incitados pelos brancos europeus, Tupinambás e Tupiniquins passam a guerrear, até reconhecerem sua dependência dos estrangeiros. Formam, então, a “Confederação dos Tamoios” (o termo Tamoios significa os mais antigos da terra), liderada por Cunhambebe, para combater os portugueses. Nessa época, o artilheiro alemão Hans Staden, de passagem por essas terras, se torna prisioneiro do índios. Alguns meses depois consegue fugir, e de volta à sua terra relata a experiência no livro DUAS VIAGENS AO BRASIL, documento importantíssimo para a história do país. Tentando controlar a rebeldia dos índios, em 1563, os jesuítas Manoel da Nóbrega e José de Anchieta partem de São Vicente com destino a esta região, conhecida por Aldeia de Iperoig, com a missão de pacificar os índios através de um tratado de paz.
Desconfiados das verdadeiras intenções dos portugueses, os tamoios tomam Anchieta como refém durante cinco meses, até verem assegurada “A Paz de Iperoig”.Alguns historiadores acreditam que foi nessa época que Anchieta escreveu na praia de Iperoig muitos de seus 4.172 versos do famoso ” Poema à Virgem”.
Com a paz instalada, os portugueses asseguram a posse da região e fundam a Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Mais tarde instalam aqui engenhos de cana, serrarias, fornos de olahia, fazendas e pequenas indústrias. Com o porto para escoamento da produção, a cidade começa a prosperar, até que em 1787, quando as embarcações passam a se dirigir ao porto de Santos, por ordem do presidente da Província de São Paulo. Com isso, Ubatuba entra em franca decadência. Isso dura até 1808, quando ocorre a reabertura dos portos ao comércio estrangeiro. Recupera-se o porto local e ele passa a ser o mais movimentado de todo o Estado, escoando a produção do Vale do Paraíba e Minas Gerais .
Na cidade erguem-se inúmeros casarões que atestam os fartos recursos dos comerciantes locais. Mais tarde a maioria deles é demolia em nome do progresso. A cidade entra em nova crise com a construção da estrada de ferro D. Pedro II, que liga o Rio de Janeiro a São Paulo, desviando as exportações do porto de Ubatuba. A cidade isola-se novamente e só se recupera em 1952, com a construção da rodovia ligando Ubatuba a Taubaté, a SP 125, e mais tarde a rodovia BR 101, ou Rio-Santos. Hoje, ambas contribuem para alimentar o fluxo turístico na cidade, que chega a receber por volta de 800 mil há 1.000 milhão de visitantes a cada temporada.
